El museo de la Casa Santa se encuentra dentro del conjunto arquitectónico del Santuario de Loyola. La vieja casa torre medieval, la Santa Casa, solar de los señores de Oñatz y Loyola, en la que Ignacio de Loyola nació en 1491 y posteriormente se convirtió a Dios en 1521, es el corazón y la razón de ser del Santuario de Loyola.
La mitad inferior de la Santa Casa, es de piedra, casi ciega sin huecos; una verdadera fortaleza edificada a finales del siglo XIV por el tatarabuelo de San Ignacio de Loyola, Beltrán Ibañez de Loyola.
La mitad superior de la Santa Casa, de ladrillo y claro estilo mudéjar, con numerosas ventanas y cuatro garitones ornamentales en los ángulos, adornados con festones de lacerías mudéjares, un palacio más que una torre militar. Es una reconstrucción realizada en 1460 por el abuelo de San Ignacio de Loyola, Juan Perez de Loyola.
Hoy en día permanece abierto al público, y se puede contemplar cómo transcurría la vida cotidiana de los Oñatz Loyola a través de las distintas estancias de la casa. Entre todas ellas, destaca la denominada Capilla de la Conversión, situada en el último piso de la edificación, y que es el lugar donde Ignacio de Loyola superó operaciones y riesgo de muerte. Sus lecturas de convaleciente sobre Cristo y los Santos le descubrieron aquí, y en el oratorio de su casa, que tenía que cambiar de vida y peregrinar en busca de Jesucristo. Lo hizo y terminó siendo San Ignacio de Loyola.